국세기본법에 의해 금지되는 재조사에 기해 양도소득세를 추가로 부과한 것은 위법하다는 판결이 나왔다.

2016년 3월 서울에 있는 아파트를 양도한 A씨는 소득세법상 고가주택의 1세대 1주택(일시적 2주택) 비과세 규정을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세를 납부하였고, 성동세무서는 2016년 12월 26일부터 이듬해 1월 31일까지 A씨의 아파트 양도에 관한 양도소득세에 대하여 세무조사(1차 조사)를 실시하여, A씨가 경기도에 보유하고 있는 단독주택 건물이 별장에 해당하는지 여부에 관하여 조사한 다음, 이 건물이 별장에 해당한다고 보아 아파트 양도와 관련, 1세대 1주택 비과세 적용이 적정하다고 판단해 합산신고 누락분만 정정하여 2017년 3월 A씨에게 2016년 귀속 양도소득세를 추가로 경정 · 고지했다. A씨는 배우자와 공유로 취득한 경기도에 있는 토지에 2008년 6월 단독주택을 신축하여 보유하고 있었다.

그러나 서울지방국세청장이 2018년 11월 12일부터 29일까지 성동세무서에 대한 종합감사를 실시하는 과정에서 성동세무서는 11월 20일 A씨에게 '2016년 양도소득세 조사 당시 제출된 서류만으로는 별장으로 보기 어려우므로, 필요한 관련 장부와 증빙서류를 담당자에게 제출하라'는 내용의 '해명자료 제출 안내문'을 발송했다(2차 조사). 서울지방국세청 감사관은 A씨가 제출한 소명자료를 검토한 후, 성동세무서에 이 건물을 별장이 아닌 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하고 재경정하도록 지시했다. 이에 성동세무서가 2019년 6월 A씨에게 2016년 귀속 양도소득세를 추가로 부과하자 A씨가 성동세무서장을 상대로 추가 부과처분을 취소하라는 소송(2020구합59468)을 냈다.

서울행정법원 제4부(재판장 한원교 부장판사)는 4월 9일 "위법한 2차 조사에 기하여 이루어진 양도소득세 추가 부과처분은 위법하다"며 "2019년 6월에 한 양도소득세 부과처분을 취소하라"고 원고 승소 판결했다.

재판부는 먼저 대법원 판결(2020. 2. 13. 선고 2015두745 판결 등)을 인용, "국세기본법에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다"고 밝혔다.

이어 "서울지방국세청장은 성동세무서에 대한 감사 과정에서 원고의 2016년도 양도소득세에 관한 1차 조사 당시 원고가 제출하였던 자료 등을 검토한 다음 피고로 하여금 원고에게 소득세법 제170조에 기한 질문조사권을 행사하여 1차 조사 때 이미 조사가 이루어졌던 '이 사건 건물이 별장에 해당하는지 여부'에 대해 다시 원고에게 추가로 자료를 제출하도록 요구하게 하였고, 피고가 2018. 11. 20. 원고에게 관련 자료 및 증빙서류의 제출을 요구하는 과정에서 그 법적 근거가 소득세법 제170조에 따른 질문조사권임을 분명히 밝힌 이상, 원고에게는 이와 같은 피고의 요구에 성실하게 협력할 의무가 있었을 뿐만 아니라, 이에 대해 거짓으로 진술을 하거나 거부 · 기피하는 때에는 과태료가 부과될 수도 있는 상황이었고, 위와 같은 자료 제출 요구에 따라 A씨는 카드사용 내역 등의 자료를 제출하였으며, 3회에 걸쳐 서울지방국세청 감사관실에서 세무공무원의 질문과 조사에 응하였다"며 "2차 조사는 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당한다고 봄이 타당하다"고 밝혔다.

리걸타임즈 김덕성 기자(dsconf@legaltimes.co.kr)