대법원 제2부(주심 민유숙 대법관)는 11월 2일 신세계가 월마트코리아를 흡수합병한 뒤 이마트를 분할하는 과정에서 부과된 가산세 포함 2011사업연도 853억여원의 법인세를 취소해 달라며 서울 중부세무서장을 상대로 낸 소송의 상고심(2020두56803)에서 "이마트 분할은 합병평가차익의 과세이연 종료 사유인 '사업의 폐지'에 해당한다"고 판시, 신세계의 상고를 기각하고, 원고 패소 판결한 원심을 확정했다.
신세계는 2006년 9월 월마트코리아를 인수한 뒤 법인 상호를 신세계마트로 변경하고, 2008년 12월 흡수합병했다. 이 합병은 법인세법상 '적격합병'으로 인정되어 압축기장충당금 2,315억여원, 일시상각충당금 279억여원을 각 계상하여 손금에 산입하는 방식으로 합병으로 승계한 유형고정자산의 합병평가차익 약 2,595억여원에 대한 과세이연 혜택을 받았다. 과세이연이란 세금 납부를 연기해주는 제도로, 구 법인세법은 17조 1항 3, 4호에서 합병평가차익을 익금 불산입 사유의 예외사유로 규정하여 원칙적으로 합병을 과세의 계기로 삼되, 다만, 같은 법 44조 1항 각호에서 정한 적격합병에 해당하는 경우에는 구 법인세법 시행령 80조 1, 2, 4항에 따라 압축기장충당금, 일시상각충당금으로 계상하여 손금에 산입하는 방식으로 과세를 이연하도록 하고 있다.
이후 신세계는 2011년 5월 대형마트 사업 부분을 분리해 이마트를 분할 · 신설했고, 이마트가 월마트코리아 인수 관련 충당금 잔액 2,560억여원을 승계했다. 이에 서울국세청이 "이마트 분할로 인해 신세계마트 합병에 따른 과세이연이 종료되었고, 이마트가 충당금 잔액을 승계받는 방법으로 과세이연을 할 수 없는데도 충당금 잔액을 승계받은 것은 부당하다"고 중부세무서에 통보, 중부세무서가 신세계에 법인세 853억여원을 부과하자 신세계가 소송을 냈다.
1심 재판부는 "이마트 분할은 구 법인세법 제44조 제2항 및 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호에서 규정하는 월마트코리아 합병에 따른 합병평가차익의 과세이연 종료 사유인 '사업의 폐지'에 해당하고, 따라서 이 사건 충당금 잔액은 구 법인세법 제44조 제2항, 구 법인세법 시행령 제80조 제6항에 따라 이마트 분할이 있었던 2011년 사업연도 익금에 산입된다고 봄이 상당하므로 법인세 부과처분은 적법하다"며 신세계의 청구를 기각했다.
1심 재판부는 "구 법인세법 제44조 제2항은 적격합병에 해당하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어 익금에 산입하는 것으로 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령은 제80조 제6항 제1호에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분한 경우 위 구 법인세법 제44조 제2항에서 규정한 '사업을 폐지하는 경우'에 해당하는 것으로 보아 과세이연된 압축기장충당금 또는 일시상각충당금 잔액 전액을 해당사유가 발생한 사업연도 익금에 산입하도록 하는 사후관리 규정을 두고 있었는데, 이마트 분할은 이 사건 합병등기일이 속하는 사업연도인 2008년의 다음 사업연도 개시일 2009. 1. 1.부터 3년 이내에 해당하는 2011. 5. 1. 이루어진 사실, 원고가 대형마트 사업을 분리한 후 피합병법인인 월마트코리아로부터 승계한 고정자산을 이마트에 포괄적으로 이전해 주었고, 그로 인하여 원고는 승계한 위 고정자산을 더 이상 소유하지 않게 되었는바, 이는 구 법인세법에서 규정하는 적격합병으로 인한 과세이연이 종료되는 '사업의 폐지'에 해당한다고 봄이 상당하다"고 밝혔다.
이에 신세계가 항소했으나, 항소심 재판부도 1심과 같은 취지로 판단해 항소를 기각했고, 대법원도 "원심 판단에 법인세 부과처분의 적법 여부 판단에 적용될 법령, 구 법인세법 제44조 제2항에서 정한 '사업의 폐지' 및 법인세법 시행령 제80조 제6항에서 정한 '처분', 국세기본법 제18조 제3항에 따른 비과세관행에 반하는 소급과세금지 등에 관한 법리오해의 잘못이 없다"고 판시했다.
법무법인 위즈가 1심부터 중부세무서장을 대리했다. 신세계는 1심은 법무법인 광장, 항소심은 광장과 김앤장, 상고심은 법무법인 율촌과 김앤장이 각각 대리했다.
리걸타임즈 김덕성 기자(dsconf@legaltimes.co.kr)
