물류센터가 있는 용인사업장을 '공급받는 자'로 한 세금계산서를 물류대행업체로부터 발급받아 그 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고했다가 세무서로부터 3,700여만원의 가산세를 부과받은 이베이코리아가 가산세 부과처분을 취소하라며 소송을 냈으나 최종 패소했다. 실제 용역을 공급받은 사업장이 본점인 만큼 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 취지다.

대법원 제1부(주심 오경미 대법관)는 10월 28일 이베이코리아가 "2015년 제2기 부가가치세에 대한 가산세 3,700여만원의 부과처분을 취소하라"며 용인세무서장을 상대로 낸 소송의 상고심(2021두39447)에서 이같이 판시, 이베이코리아의 상고를 기각하고, 원고 패소 판결한 원심을 확정했다. 법무법인 청우가 1심부터 이베이코리아를 대리했다.

이베이코리아는 2014년 5월 '용인시에 있는 이베이코리아의 물류센터 등에서의 제품 입고 · 출고 · 보관 등 제반 물류 업무의 처리를 2014년 6월 1일부터 2016년 5월 31일까지 A사에 위탁하고, A사는 이베이코리아로부터 위 위탁업무 처리에 따른 물류대행 수수료를 지급받기로 하는 내용'의 물류대행서비스계약을 A사와 체결하고, 물류센터에서의 물류 처리 업무를 A사에 위탁하여 왔다. 이베이코리아는 그 후 2015년 8월 28일경 물류센터에서의 물류대행수수료율을 인상하여 2015년 6월 1일부터 소급 적용하기로 하는 등의 내용이 포함된 추가약정을 A사와 체결했다. 이베이코리아와 A사는 당시 물류센터에서 2015년 6월 1일부터 2015년 11월 30일까지 발생하는 물류대행수수료의 정산차액, 즉 2015년 6월 1일자로 인상된 수수료율을 적용한 위 기간의 물류대행수수료에서 A사가 이베이코리아로부터 기지급받은 물류대행수수료를 뺀 나머지 차액 12억 3,900여만원에 대해서는 A사가 이베이코리아에 2015년 12월 청구 마감일까지 청구하기로 정했다.

문제는 이 12억 3,900여만원에 붙는 부가가치세를 처리하는 과정에서 발생했다.

이베이코리아는 2015년 12월 21일 정산수수료 12억 3,900여만원과 관련하여 '공급받는 자'를 용인사업장, 품목 물류대행수수료(소급), 공급가액 1,239,561,064원, 세액 123,956,106원으로 된 전자세금계산서를 A사로부터 수령했다. 이어 용인세무서에 용인사업장에 관한 2015년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서, 이 세금계산서에 관한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하고 매입세액이 매출세액을 초과함을 이유로 환급세액 1억 7,000여만원을 신고했다. 이베이코리아는 이에 앞서 2015년 12월 7일 용인세무서에 사업장 소재지를 용인 물류센터로 하는 사업자등록을 마쳤는데, 1주일 뒤인 12월 14일 본점 관할 서울 역삼세무서에 사업자 단위 과세 사업자등록을 신청하여 그 사업자등록을 마쳤다. 이에 따라 용인사업장에 관한 사업자등록은 2015년 12월 31일 폐업을 이유로 말소됐다.

그러나 용인세무서는, 정산수수료는 용인사업장이 아닌 본점 사업장의 매입에 해당하여 본점이 아닌 용인사업장이 수취한 세금계산서는 '공급받는 자'가 달라 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단, 용인사업장이 신고한 매입세액 중 이 세금계산서의 매입세액 123,956,106원의 공제를 부인하고 환급세액을 4,600여만원으로 감액했다. 여기에 더해 이베이코리아가 세금계산서를 잘못 냈다며 세금계산서불성실 · 초과환급신고 가산세 3,700여만원을 부과했다. 이에 따라 애초 1억 7,000여만원을 돌려받아야 한다고 신고했으나 900여만원만 환급받게 된 이베이코리아가 가산세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 내 가산세 부과처분은 적법한 절차 없이 이루어져 위법하다는 이유로 이를 취소한다는 원고 승소 판결이 확정됐다. 이에 용인세무서가 과세예고통지 절차를 거치는 등 절차상 하자를 치유한 후 가산세 3,700여만원을 다시 부과했고 이베이코리아는 또 소송을 냈다.

1심과 항소심 재판부는 모두 가산세 부과가 정당하다고 판결했다.

이베이코리아는 세금계산서불성실 가산세와 관련, "이 세금계산서는 그 필요적 기재사항의 하나인 공급받은 자가 본점 사업장이 아니라 용인사업장으로 기재되어 있는 데 불과하므로, 재화나 용역의 공급이 없는 허위 · 가공의 세금계산서라거나 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다"고 주장했다.

1심과 항소심 재판부는 그러나 "동일한 사업자가 둘 이상의 사업장을 경영하는 경우 각 사업장 상호간은 부가가치세법상으로는 타사업자와 마찬가지로 취급되는 것이므로, 정산수수료와 관련한 용역을 공급받지 아니한 원고의 용인사업장은 정산수수료에 관한 세금계산서를 교부받을 수 없는 것인데, 원고의 용인사업장이 A사로부터 세금계산서를 발급받은 것은 부가가치세법 제60조 제3항 제2호에서 정한 '사업자가 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우'에 해당하여 위 법규정에서 정한 가산세 부과대상이 된다"고 밝혔다.

이베이코리아는 또 "정산수수료 관련 세금계산서의 용역은 종전부터 운영되어 오다가 잠시 용인사업장으로 사업자등록이 되었다가 사업자등록이 곧 말소된 물류센터에서 실제 제공된 것인 점, 용역을 제공한 A사가 물류센터가 용인사업장으로 등록되어 있던 날(2015. 12. 21.)을 공급연월일로, 용인사업장을 공급받는 자로 하여 발행 · 교부하였고, A사도 해당 부가가치세를 신고 · 납부한 점, 원고로서는 본점사업장에서 신고하든 용인사업장에서 신고하든 아무런 차이가 없었던 점 등의 여러 사정에 비추어 보면, A사가 원고의 용인사업장을 공급받은 자로 하여 발행한 세금계산서를 교부받은 후 이를 용인사업장에 관한 것으로 신고한 데 정당한 사유가 있다"고 주장했다.

1심과 항소심 재판부는 이에 대해서도, "원고가 주장하는 사정들만으로는 원고의 위와 같은 부가가치세 신고 과정에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 오히려 원고의 주장에 의하더라도 원고가 A사로부터 용인사업장을 공급받은 자로 하여 세금계산서를 발급받고, 이를 용인사업장의 매입가액으로 하여 부가가치세를 신고한 것은 법률의 부지나 착오로 볼 수밖에 없다"며 받아들이지 않았다.

대법원도 "원고 본점과 용인시 소재 물류센터의 각 사업장을 보유한 원고가 A사와 물류대행서비스계약을 체결하고 용역을 공급받은 사업장은 본점이지 용인사업장이 아니므로, 그 용역에 관하여 '공급받는 자'를 용인사업장으로 하여 작성된 세금계산서는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당하고, 원고가 이 세금계산서를 발급받아 그 매입세액을 공제하여 2015년 제2기분 부가가치세 확정신고 및 환급신고를 한 것에 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다는 이유로 피고가 원고에게 한 세금계산서불성실가산세 및 초과환급신고가산세 부과처분은 적법하다고 판단한 원심은 정당하고, 거기에 가산세 부과요건 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다"고 판시했다.

리걸타임즈 김덕성 기자(dsconf@legaltimes.co.kr)