A는 서울 서초구의 재건축아파트를 2009년 10월 취득한 후 이 자리에 새로 지어진 신축아파트를 받아 8년여 지난 2017년 12월 34억원에 매도했다. 양도소득세 납부와 관련, 보유기간 3년 이상을 요구하는 장기보유특별공제를 적용받을 수 있을까?

A는 1세대 1주택(고가주택)으로서 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 1억 500만원을 신고했으나, 서초세무서는 A가 재건축아파트를 취득할 당시 이는 법적으로 '부동산'이 아니라 '조합원입주권'에 해당하였음을 전제로 양도대상인 신축아파트 자체만 가지고 장기보유특별공제의 적용 여부를 살펴야 한다고 보고, A가 신축아파트를 취득한 시기는 사용승인일인 2016. 8. 30.인 반면 신축아파트의 양도시기는 2017. 12. 29.로서 장기보유특별공제가 적용되기 위한 보유기간(3년)을 충족하지 못하였다는 이유로, 2022. 3. 16. A에 대하여 장기보유특별공제를 완전히 배제한 가운데 가산세 174,329,700원을 포함한 2017년 귀속 양도소득세 523,698,890원을 경정 · 고지했다.

서울행정법원은 그러나 5월 8일 A가 서초세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소청구소송(2022구단73331)에서 "신축아파트에 관하여 1세대 1주택의 장기보유특별공제를 완전히 배제한 가운데 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다"며 "취소하라"고 판결했다.

재판부는 먼저 "원고는 도시정비법에 따라 종전아파트가 조합원입주권으로 전환되는 기준일에 해당하는 관리처분계획인가일(2010. 8. 24.) 이전에 이미 종전 아파트를 취득한 이상, '부동산'으로서의 종전아파트를 취득하였다고 보아야 한다"며 "원고가 '조합원입주권'으로서의 종전아파트를 취득하였고 이에 따라 종전아파트의 취득 당시 원조합원으로부터 조합원입주권을 승계취득한 것으로 보아, 구 소득세법 제95조 제2항의 두 번째 괄호 부분에 기대어 일체의 장기보유특별공제가 배제되어야 한다는 취지의 피고 과세논리는 그 자체로 타당하다고 볼 수 없고, 이에 기초한 이 사건 부과처분은 위법을 면할 수 없다고 할 것"이라고 밝혔다.

이어 "1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특 별공제율을 정한 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 구 소득세법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하고 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 다만 재건축 · 재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 구 소득세법 시행령 제159조의3에 의한 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권 등의 보유기간까지 통산하여 구 소득세법 제95조 제2항의 표 2에 규정된 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다(대법원 2014. 9. 4. 선 고 2012두28025 판결 참조)"고 지적하고, "원고는 2009. 10. 6. 종전아파트의 소유권을 취득한 후 2010. 8. 24. 관리처분계획인가가 이루어졌고, 그 후 신축아파트의 소유권을 취득하였으며, 2017. 12. 19. 1세대 1주택 요건을 일응 충족한 고가주택인 신축아파트를 타에 양도하였는바, 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면 신축아파트는 1세대 1주택으로서 원고가 종전아파트를 보유한 기간(종전아파트가 '부동산'과 '조합원입주권'의 성격 중 어느 것을 지니는지에 상관없이)과 신축아파트를 보유한 기간 모두를 통산 · 반영한 가운데(다만, 구 소득세법 시행령 제166조 제5항에 따라 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 구분지어 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간이 각기 산정되어야 할 것이다) 구 소득세법 제95조 제2항의 표 2에 규정된 1 세대 1주택의 장기보유특별공제율을 적용하여 2007년 귀속 양도소득세를 산출하였어야 한다"고 밝혔다.

판결문 전문은 서울행정법원 홈페이지 참조.