서 회장은 주식 50% 이상을 직접 보유하고 있는 셀트리온헬스케어와 셀트리온과 사이의 거래로 발생한 이익에 대해 구 상속세 및 증여세법 45조의3 1항 등에 따라 2012년 귀속 증여세 116억 7,400여만원, 2013년 귀속 증여세 15억 4,100만여원을 납부한 뒤, 증여세 과세요건이 충족되지 않거나 충족된다 하더라도 자기증여에 해당해 증여세 납부의무가 없다고 주장하며 연수세무서에 위 각 증여세의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 했으나 거부되자 소송을 냈다. 셀트리온은 2012 사업연도와 2013 사업연도에 셀트리온헬스케어에 바이오시밀러 의약품을 공급했는데, 셀트리온의 매출액 중에서 셀트리온헬스케어에 대한 매출액이 차지하는 비율이 2012 사업연도에 94.56%, 2013 사업연도에 98.65%였다. 

구 상증세법 45조의3 1항은 법인의 사업연도 매출액 중에서 그 법인의 지배주주와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 법인(특수관계법인)에 대한 매출액이 차지하는 비율(특수관계법인거래비율)이 그 법인의 업종 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 비율(정상거래비율)을 초과하는 경우에는 그 법인(수혜법인)의 지배주주와 그 지배주주의 친족이 '수혜법인의 세후영업이익×정상거래비율 또는 그 1/2을 초과하는 특수관계법인거래비율×한계보유비율을 초과하는 주식보유비율'의 계산식에 따라 계산한 이익(증여의제이익)을 각각 증여받은 것으로 보도록 규정하고 있다.

1심과 항소심 재판부가 모두 서 회장의 청구를 기각하자 서 회장이 상고했다.

대법원은 "원심은 ①구 상증세법 제45조의3의 문언과 조세법률주의의 원칙 등에 비추어 어느 행위 또는 거래가 '기여에 의한 재산가치 증가'라는 구 상증세법 제2조 제3항의 증여 개념에 부합해야만 구 상증세법 제45조의3에 의한 증여세를 과세할 수 있는 것은 아닌 점, ②구 상증세법 제2조 제3항의 증여 개념이 증여의제 규정인 구 상증세법 제45조의3에 그대로 적용된다고 보기 어려운 점, ③이 사건 거래의 내용 등에 비추어 원고의 주장과 같이 셀트리온이 셀트리온헬스케어에 이익과 사업기회를 일방적으로 제공하는 관계라고 보기 어려운 점 등을 들어, 이 사건 거래가 구 상증세법 제45조의3에 의한 증여세 과세요건을 충족하였다고 판단하고, 이와 다른 전제에서 이 사건 거래는 셀트리온헬스케어가 셀트리온에 기여를 한 것이 아니므로 구 상증세법 제2조 제3항의 증여 개념에 부합하지 않아 구 상증세법 제45조의3에 의한 증여세 과세요건을 충족하지 못하였다는 취지의 원고 주장을 배척하였다"며 "원심이 구 상증세법 제45조의3을 이른바 증여세 완전포괄주의 과세제도의 개별적 예시규정이라고 설시한 부분은 다소 부적절하지만,이 사건 거래가 구 상증세법 제45조의3에 의한 증여세 과세요건을 충족하였다는 원심의 결론은 정당하다"고 밝혔다.

구 상증세법 제45조의3은 수혜법인의 매출액 중에서 일정한 비율을 초과하는 매출액이 '특수관계법인'과의 거래에서 발생한 경우 '수혜법인의 지배주주 등'이 일정한 이익을 증여받은 것으로 보아 '수혜법인의 지배주주 등'에게 증여세를 부과하도록 정하고 있다. 대법원은 따라서 "구 상증세법 제45조의3에 따른 증여세의 경우 증여자는 특수관계법인으로, 수증자는 증여세 납부의무자인 수혜법인의 지배주주 등으로 보아야 한다"며 "증여자인 특수관계법인은 그 주주와 구별되는 별개의 법적 주체이므로, 수증자인 수혜법인의 지배주주 등이 동시에 특수관계법인의 주주이더라도 증여자와 수증자가 같다고 할 수 없고, 더욱이 특수관계 법인은 수혜법인과의 거래로 인하여 손실을 입는 것이 아니어서, 수혜 법인의 지배주주 등이 동시에 특수관계법인의 주주이더라도 그 거래로 인한 이익과 손실이 함께 수혜법인의 지배주주 등에게 귀속되어 그 재산가치가 실질적으로 증가하지 않는다고 평가할 수도 없으므로, '자기증여'에 해당되지 않는다"고 밝혔다. 이 사건 증여의제이익이 구 상증세법 45조의3에 따른 증여세 과세 대상에서 제외된다고 볼 수 없다는 것이다.

대법원은 또 "원심은 구 상증세법 제45조의3 제1항 등이 '지배주주'의 의미를 직접 정의하고 있으므로 이를 반드시 상법상 '주주'의 의미 내에서 해석해야 한다고 볼 수 없고, 지배주주에 관하여 정하고 있는 위 규정의 문언에 비추어 수혜법인의 주식을 직접 보유하지 않고 간접적으로만 보유하는 자도 수혜법인의 지배주주에 포함되는 것으로 보아야 한다는 등 이유로, 원고가 셀트리온의 주식을 직접 보유하지 않고 간접적으로만 보유하고 있더라도 셀트리온의 지배주주로서 구 상증세법 제45조의3 제1항에 따른 증여세 납세의무자에 해당한다고 판단하였다"며 "원심의 이러한 판단에 지배주주의 의미에 관한 법리를 오해하거나 대법원 판례를 위반한 잘못이 없다"고 판시했다.

대법원 관계자는 "구 상증세법 제45조의3에서 증여자는 특수관계법인의 주주가 아닌 특수관계법인이라는 점을 명확히 설시하면서, 증여자인 특수관계법인은 그 주주와 구별되는 별개의 법적 주체이므로, 수증자인 수혜법인의 지배 주주 등이 동시에 특수관계법인의 주주이더라도 증여자와 수증자가 같다고 할 수 없어 증여세를 과세할 수 있다는 점을 최초로 설시했다"고 설명했다.

리걸타임즈 김덕성 기자(dsconf@legaltimes.co.kr)