코스닥 주권상장법인인 (주)셀트리온제약이 2009년 한서제약(주)을 흡수합병하며 회계장부에 계상한 영업권 281억여원은 과세대상이 아니라는 판결이 나왔다. 기업회계기준에 따른 것일 뿐, 무형자산에 대한 대가로 볼 수 없다는 것이다.
서울행정법원 제11부(재판장 박형순 부장판사)는 8월 24일 셀트리온제약이 "한서제약 합병 과정에서 계상한 영업권 281억여원에 대해 법인세를 부과한 것은 부당하다"며 역삼세무서장을 상대로 낸 소송(2016구합77186)에서 "가산세 포함 2009 사업연도 법인세 9,991,555,400원의 부과처분을 취소하라"고 원고 승소 판결했다.
셀트리온제약은 2009년 5월 코스닥 주권상장법인인 한서제약을 흡수합병하며 기업인수 · 합병에 관한 회계처리준칙(결합회계준칙)에 따라 한서제약의 순자산 공정가액 35,389,126,400원과 합병대가 63,576,845,000원의 차액인 281억여원을 회계장부에 영업권으로 계상했으나, 이 영업권이 법인세법 시행령상 감가상각자산인 '영업권'에 해당하지 않는다고 보고 영업권의 가액을 익금에 산입하지 아니하였고, 세무상 감가상각비로 손금처리하지도 않았다.
그러나 역삼세무서가 이 영업권이 감가상각자산인 영업권으로서 '합병평가차익'에 해당한다고 보고, 해당 금액을 2009 사업연도의 익금에 산입한 후 매년 감가상각비로 손금산입하여야 한다는 이유로, 영업권 281억여원을 익금산입하고 영업권 상각부인액 5억 8700여만원을 손금에 산입하여, 2015년 3월 셀트리온제약에 가산세 포함 2009 사업연도 법인세 9,991,555,400원을 부과하자 셀트리온제약이 소송을 냈다.
셀트리온제약은 "이 영업권은 한서제약의 무형의 사업상 가치를 평가하여 승계한 것이 아니라, 결합회계준칙에 따라 한서제약의 순자산을 공정가액으로 승계하면서 순자산 공정가액과 합병신주 발행가액과의 차이를 회계상 영업권으로 계상한 것에 불과하므로, 익금산입대상인 합병평가차익에 해당하지 않는다"고 주장했다.
재판부는 "법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다"며 "이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다"고 밝혔다.
재판부는 이어 "원고는 (한서제약과) 합병 전인 2008년 10월 이미 (주)셀트리온헬스케어와 사이에 (주)셀트리온이 개발 중인 바이오시밀러 제품과 각종 신약 등에 대한 국내 독점판매와 유통권에 관한 계약을 체결함으로써 의약품 판매로의 업종 변경을 위한 의약품 판매 유통권은 확보하였던 것으로 보이는바, 한서제약과의 합병의 우선적 목적은 의약품 판매로 주 업종을 변경한 원고가 동종업계의 한서제약을 흡수합병함으로써 회사의 규모를 확대하고 보다 안정적인 사업기반을 조성하기 위함이었던 것으로 보이고, 한서제약이 합병 전 수년간 흑자상태를 유지하고 있었고 동종업계의 평균 영업이익률보다 다소 높은 영업이익률을 기록하고 있었으나, 그것이 한서제약의 재무상태가 비교적 양호하였다는 사실을 넘어 반드시 한서제약이 뚜렷한 자산가치 있는 무형적 자산을 별도로 보유하고 있었다는 징표가 되는 것은 아니다"고 지적하고, "원고가 회계장부에 영업권의 가액으로 계상한 281억여원은 기업회계기준에 따른 것으로 보일 뿐, 원고가 한서제약의 상호 · 거래관계 그 밖의 영업상의 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것이라고는 단정하기 어려우므로, 영업권의 세법상 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다"고 밝혔다.
재판부는 또 "일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건 사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있는데, 원고 스스로 영업권을 감가상각 대상 자산으로 계상한 적이 없는 이 사건에서, 합병대가가 한서제약의 순자산 공정가액을 초과한다는 점 등의 사정만을 들어 과세요건을 갖추었다고 추단할 수는 없다"고 밝혔다. 영업권이 법인세법상 과세대상인 합병평가차익임을 전제로 한 법인세 부과는 잘못이라는 것이다.
법무법인 태평양이 셀트리온제약을 대리했다.
리걸타임즈 김덕성 기자(dsconf@legaltimes.co.kr)
